從大腸桿茵中提取質粒DNA的方法很多，其中的堿性別方法提取質粒是基于染色體DNA與質粒DNA的變性與復性存在差異而予以分離的。在強堿性條件下，染色體洲A和質粒DNA均變性（雙鏈解開）。由于質粒DNA是共價閉合環狀超螺旋結構，變性后兩條互補鏈不會*分開。當溶液pH調節到中性時．質粒DNA容易復性并溶解在溶液中，而染色體DNA不容易復性，互相繼繞．在利用臺式高速離心機進行離心時極易和蛋白質—3Ds復合物等一起沉淀下來。轉移出上演液，再用乙醇沉淀出其中的質粒DNA。具體操作步驟如下：
（1）接種一單菌落于100ml LB液體培養基中，加入50μl的氨芐青霉素，37℃振蕩培養8—10h，使培養達到飽和狀態。
（2）取1.5ml培養液利用臺式高速離心機離心20s，沉淀用100μl GTE懸浮并于室溫放置5min。
（3）加入200μl NaOH/SDS溶液，混勻，于冰上放置5min。
（4）加入150μl KAc溶液，在MixMax旋渦混合器上振蕩2s，于冰上放置5min。
（5）離心3min，然后吸取0.4ml上清液移入干凈的微量離心管中，加入0.8ml無水乙醇，室溫靜置2min。
（6）室溫下通過臺式高速離心機進行離心3min，（使用臺式高速離心機時一定要注意轉速、時間控制以及操作規范）用lml 70％的乙醇洗滌沉淀，然后真空于燥。
（7）沉淀用30μl dd HO溶解，-20℃保存。
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